Не поверите, поставил WinSetupFromUSB 0.2.3
При установке на флэшку копируется binifix5.cmd, в нем даже намека нет на переименование папок, ни undoren.cmd ни ren_fold.cmd тоже нет...
В итоге конечно же папки удаляются... Короче сделал все сам, если у кого аналогичная проблема возникнет, делал так:
Code
1. В TXTSETUP.SIF (который в корне флэш) нашел поиском строку c binifix
добавил туда:
ren_fold.cmd=1,,,,,,,2,0,0
undoren.cmd=1,,,,,,,2,0,0
2. В WINNT.SIF (который в $WIN_NT$.~BT) в самом конце после секции [Identification] добавил:
[GuiRunOnce]
"undoren.cmd"
[SetupParams]
UserExecute="ren_fold.cmd"
у меня их вообще не было
3. Ну и в папку $WIN_NT$.~LS\I386\ закинул эти 2 файла - undoren.cmd и ren_fold.cmd
Проверил, все работает.
P.S.: кстати если пользуетесь WinSetupFromUSB 0.2.3 версии после инстала дистрибутива проверьте файл TXTSETUP.SIF (который в корне флэш) в самом конце файла есть строка:
setup.org = 1,,,,,,,2,0,0
а должно быть:
setuporg.exe = 1,,,,,,,2,0,0
поправьте если неправильно иначе при запуске 2ой стадии вылетит ошибка и на этом установка прекратиться
Способ указанный в предыдущем сообщении помог, за что выражаю огромную благодарность Rusmisterr. 
Одно но, флешку нельзя выдергивать до первого входа в окна, иначе папки не удалит, но и не переименует. Правда если таки дернул и папки остались не переименованными, то можно просто запустить undoren.cmd из корня флешки. 
