Вот поэтому решил попробовать еще один способ, в этот раз от Bean123 (одного из разработчиков grub4dos).
Он написал утилиту, называемую - fbinst.exe и предназначенную для нестандартного форматирования флешек (создание структуры специального вида)...
Итак, по пунктам:
1. Качам утилиту http://download.gna.org/grubutil/ (актуальная версия на текущий момент - 1.5)
2. Запускаем и глядим параметры: fbinst -h
3. Обнаруживаем, что нифига не понятно, и более того - практически отсутствуют любые упоминания о сей утилите не только в рунете, но и на англоговорящих форумах... Точнее упоминания, конечно есть, а вот реальных описаний использования практически нету(((, посему идем сюда: форум китайских друзей или сюда: форум остальных друзей
4. Осознав основы, начинаем мучать флешку (данные все будут потеряны, посему лучше сохранить все заранее)

Все действия выполнять с ПРЕДЕЛЬНОЙ аккуратностью, иначе можете че-нить грохнуть.
Я буду описывать, как делал для себя, вы же можете попробовать свои параметры... Заодно и опытом поделитесь
1. Определяем какое устройство (номер) у нас флешка :
fbinst --list
Предположим, что она (hd1)

2. Форматируем флешку:
fbinst (hd1) format --force --fat32 --zip --align --unit-size 8
На этом этапе создана структура разделов, файловой системы и сгенерированы несколько MBR, кроме того выделена спец. область под файлы загрузчиков и др., флешка создавалась из расчета, чтобы определялась как USB-ZIP или USB-HDD (USB-ZIP полезен для старых биосов, где нет поддержки USB-HDD)

3. Проверяем области хранения файлов (этой командой будете пользоваться и позже, после добавления файлов):
fbinst (hd1) info

4. Ложим файлы, как пример: grldr и ntldr на диск D: (чтобы не заморачиваться с путями)
5. Прописываем их, например так:
fbinst (hd1) add grldr d:\grldr
fbinst (hd1) add ntldr d:\ntldr
6. Проверяем:
fbinst (hd1) info
7. Создаем на диске d: текстовый файлик с названием fb.txt, его содержимое ниже:

8. Вписываем его на флешку:
fbinst (hd1) add-menu fb.cfg d:\fb.txt
9. Проверяем:
fbinst (hd1) info
10. Добавляем menu.lst на флешку, ну и другие файлы... Перезагружаемся и глядим что получилось

Более подробную информацию можно найти по ссылкам данным выше, это больше учебный пример, также можно добавить на флешку syslinux, другие загрузчики, другие файлы...
Вообщем читайте форум, я еще в процессе изучения этой утилиты.

***

Добавил архив с примером использования fbinst. Как им пользоваться:
1. Расспаковать в какую-либо папку
2. Обязательно проверить, что ваша флешка определяется как устройство (hd1), если это не так, то изменить имя устройства в fbinst\fbinst.cmd
3. Запустить файл fbinst\fbinst.cmd. Он отформатирует вам флешку, с созданием 2х спец. областей размером по 100Мб, впишет вам 3 загрузчика, создаст меню. После этого можете перезагружаться и проверять))), при этом флешка выглядит как пустая, файлы записываются в скрытое место.

После форматирования с помощью утилиты, флешку обязательно "передернуть", т.е. вытянуть и вставить обратно, т.к. Windows кеширует данные и могут быть проблемы.

Пример учебный, будет дорабатываться позже, пока для понимания как и что делает fbinst он подойдет)))

***

GUI для fbinst
FbinstTool v1.504 страница для скачки http://bbs.znpc.net/viewthread.php?tid=5641
После первого запуска, методом научного тыка выбираем второй пункт меню с правой стороны, самое верхнее субменю, язык English

***

Update #3
Чуть изменен fbinst.rar (добавлены memdisk и DOS 6.22 для демонстрации возможностей использования), изменил размеры скрытых областей в сторону уменьшения :), стало 10 и 50

26.03.2010 файл удалён по просьбе kDn