Нет, не помогло даже полное изменение ветки
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\TimeZoneInformationДобавлено (22.03.2010, 19:00)
---------------------------------------------
Нашел 
Наконецто. Счастье привалило.
Итак, забыл сказать, изменение в ветку HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM вносятся через секцию [SetupReg.AddReg]
Непосредственно в CurrentControlSet данные вносить нельзя. Это приводит в сбою загрузки системы.
Данные вносятся в ControlSet001, и при загрузке они автоматически вносятся в CurrentControlSet. Например в моем случае (Часовой пояс GMT+02:00):
[SetupReg.AddReg]
0x4, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "ActiveTimeBias", 0xffffff88
0x4, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "Bias", 0xffffff88
0x4, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "DaylightBias", 0xffffffc4
0x1, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "DaylightName", "Греция, Турция (лето)"
0x3, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "DaylightStart",\
00,00,03,00,05,00,03,00,00,00,00,00,00,00,00,00
0x4, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "StandardBias", 0x0
0x1, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "StandardName", "Греция, Турция (зима)"
0x3, "ControlSet001\Control\TimeZoneInformation", "StandardStart",\
00,00,0A,00,05,00,04,00,00,00,00,00,00,00,00,00
Вот только данные в TimeZoneInformation вносятся несколько раз в различных .inf файлах. Я искал ошибку в XPE от Sherpya, а она была в руссификаторе и в корне PEbuildera в файле pebuilder.inf. (Файлы легче всего найти через поиск виндовс, он мне сразу сказал в каких файлах искать)
После нахождения всех параметров которые так или иначе относятся к TimeZoneInformation я их просто закоментил. В результате созданная система пишет что время по гринвичу, но не изменяет его.
Спасибо Sonya за наводку.
Проблема решена.
