BootIce умеет устанавливать/менять MBR, PBR, флаг активности раздела и куча других плюшек.
Цитата
маленький системный раздел создаваемый инсталлятором системы
Это системный 100мб огрызок, который создался при установке Windows ?
Попробуй добавь ремап (смена местами загрузочной флешки и первого винчестера):
Код
title ERDCommander 6.5 for Windows7 x64
map /boot/erd64.iso (0xff)
map (hd0) (hd1)
map (hd1) (hd0)
map --hook
chainloader(0xff)
В этом меню используется прямой map (без --mem), что ускорит загрузку образа. Но этот образ на флешке должен быть дефрагментирован - Wincontig в помощь.
Цитата
Пробовал менять hd32 на 0xff безрезультатно.
hd32 - первый привод в нумерации Grub4Dos-а, а 0xff последний. Их смена ничего не даст.