Реально для установки нужен только 1 диск. Второй диск используется после установки сервера. Цитирую мануал по установке (находиться в папке DOC второго диска): "... Комплект Windows Server 2003 R2 состоит из двух дисков. Диск 1 содержит последнюю версию Windows Server 2003. Диск 2 содержит установочные файлы дополнительных компонентов Windows Server 2003 R2.
Примечание
Установочный диск 2 не обеспечивает автоматическую установку дополнительных компонентов Windows Server 2003 R2. После завершения установки дополнительные компоненты можно установить с помощью элемента панели управления «Установка компонентов Windows». Также имеется возможность добавить или обновить роли сервера с помощью средства «Управление сервером». Дополнительные сведения об этих возможностях установки см. в разделе Установка дополнительных компонентов и ролей сервера..."
