BCH, если у вас компьютер поддерживает загрузку с USB-HDD, то путем ряда измывательств вы можете установить на карточку различные ОС, в том числе и семейства Windows. Если же загрузку не поддерживает - не сможете. Главная идея в том, чтобы драйвера USB-HDD были доступны на этапе загрузки, тогда в случае Windows все работать будет 
. С линуксами проще. На счет MFT: fsutil behavior set /?
