Mazay, ну у себя, до вчерашнего дня, я использовал стандартный MBR+нестандартную BR (т.е. установка загрузчика в загрузочную запись раздела на флешке), это чудестно работало как с NTFS, так и с FAT
Вчера решил попробовать вариант triple-MBR+FAT32 - пока вроде тоже все работает, хотя еще нормально не оттестировал. Дело в том, что подобная ситуация проявлялась не только у вас и у меня, я встречал упоминания и в других местах, например на бутленде. Рекомендация всегда одна - установить загрузчик в другое место, либо другим методом. Методы установки загрузчика есть в описании, на форуме и в статьях на сайте.
(хотя вариант NTFS+стандартный MBR тоже опробовал - все работало)